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CircRNA测序
什么是CircRNA?
CircRNA(Circular RNA),是一类不具有 5' 末端帽子和 3' 末端 poly(A)尾巴、并以共价键形成稳定闭合环状结构的非编码 RNA 分子。 CircRNA 广泛存在于生物细胞中,对 miRNA 起重要的调控作用,进而调控基因表达。随着高通量测序技术的发展, CircRNA 在多种真核生物体内被大量鉴定出来,利用高通量测序技术,对生物样本中的CircRNA 进行鉴定、表达丰度检测及结构分析,是 RNA 领域的研究热点,推动更深入的基因表达研究。
CircRNA 实验设计思路为差异比较,常见的类型为实验组与对照组(case VS control),进行两两比较;若考虑时空因素,如按照不同生长发育阶段或者疾病发生发展整个过程进行比较,即进行多重比较分析,然后对差异的CircRNA 来源基因进行预测和富集分析。一组样品建议至少 6 个生物学重复。
技术路线
样本要求
CircRNA测序分析项目-飞凡检测
CircRNA常见问题——飞凡检测
为什么CircRNA测序的研究比较热?
1)多角度阐述分子生物学问题的需要;
2)从新的角度发现导致样本存在差异的需要;
3)寻找影响疾病发生的分子标记;
4)探究circRNA的未知功能;
5)寻找导致microRNA表达发生变化的机理。
CircRNA测序需要多少数据量?
推荐10G clean data/样本的数据量。
CircRNA测序的条件?
1. 有参考基因组,并且有CircRNA注释信息;
2. 有相应的核糖体去除试剂盒。
CircRNA有哪些特点?
1. 大多存在于细胞质中,且序列高度保守;
2. 一般细胞或组织中,环状RNA较稳定,半衰期在48h,其他mRNA(线性)半衰期约为10h;血清中的外显子环状RNA不稳定,半衰期<15s。
3. 不同细胞中表达的环状RNA可能不同;
4. 同一个基因可能即产生线性mRNA,又可以转录成环状RNA;
5. 总量估计,外显子环状RNA(exonic ciRcRNA)的量约为polyA mRNA(线性mRNA)的1%;占非核糖体RNA的0.8%;
6. 大部分为ncRNA。
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飞凡检测致力于打造国内专业的第三方检测服务公司,不断优化整合市场检测资源,飞凡检测与多家科研院所,如上海同济大学,苏州大学,SGS,TUV,以及国内众多知名的检测公司进行深度合作,共同为国内制造业服务,为中国的制造业开拓海外市场保驾护航,为我们日常生活的健康安全树立标杆;公司目前工程师百余人,95%以上是本科以上学历;我们合作的实验室通过CNAS,CMA(EZ),所出具的任何一张报告都有CNAS,CMA资质,确保出具的每份报告都具有权威的法律效力。
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