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全基因组甲基化测序

浏览次数:329|来源:飞凡检测 | 2022-02-18 12:50:29

DNA甲基化是在甲基转移酶的催化下,DNA的CG两个核苷酸的胞嘧啶被选择性地添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,这常见于基因的5'-CG-3'序列。DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,在基因表达调控、遗传印记、染色质重塑、细菌宿主防御、胚胎发育以及人类癌症发生等方面中起着重要的作用;获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据,对表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。

全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是采用重亚硫酸盐处理DNA使其未甲基化修饰的胞嘧啶C转化为尿嘧啶U,通过对处理后的DNA结合Illumina高通量测序平台进行全基因组重测序,并与参考基因组进行比对,在全基因组水平上实现单碱基分辨率,精确评估单个 C 碱基的甲基化水平,进而构建精细的全基因组DNA甲基化图谱。WGBS被广泛应用于人类疾病与动植物研究中,如细胞分化、组织发育等基础机制研究,以及动植物育种、人类健康与疾病治疗等研究领域。

技术流程

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数据分析

标准分析

  • 原始数据质控

  • 比对到参考基因组

  • 甲基化位点识别

  • 甲基化水平分布趋势:CpG、CHG、CHH甲基化分布比例;CHG/CHH甲基化C附近9bp的序列分析;染色体水平甲基化密度分布;全基因组甲基化图谱;不同基因组区域/基因原件甲基化分布

  • 多样本甲基化差异分析:聚类分析;GO分析;KEGG分析

高级分析

  • 差异表达基因的甲基化水平

  • 差异表达转座子的甲基化水平

  • 甲基化修饰与表达调控关系

  • 甲基化基因和非甲基化基因的表达分析

样本要求

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技术参数

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