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环状RNA测序

浏览次数:168|来源:飞凡检测 | 2022-02-28 09:38:37

环状RNA(circular RNA,circRNA)呈封闭环状结构,是最近研究的热点,它大量存在于真核细胞胞质内,主要由pre-mRNA通过可变剪切加工产生,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。

近年的研究表明,circRNA具有重要的调控功能,例如circRNA可发挥竞争性内源RNA(ceRNA)机制,由于其分子富含microRNA(miRNA)结合位点,在细胞中起到miRNA海绵的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平。特别是通过与疾病关联的miRNA相互作用,研究证明circRNA能影响癌症细胞的增殖、浸润与转移、血管生成以及细胞凋亡。除此以外,circRNA也具有调控其他类型RNA、调节蛋白质活性等功能。

这些特性使得circRNA具有开发疾病新型诊断与治疗方法的潜力,研究意义重大。circRNA测序的主要应用领域有肿瘤等疾病致病机理研究;生长发育过程中的基因表达调控变化;其他关心基因转录表达调控的研究方向等。

技术流程

环状RNA测序 技术流程

数据分析

标准分析

  • 原始数据质控

  • 比对到参考基因组

  • circRNA鉴定与统计:统计reads类型、circRNA类型与分布

  • 来源基因富集分析

  • circRNA注释

  • 表达量计算与样品间表达差异分析

  • 差异基因GO分析;KEGG分析

  • 生物学重复样品间相关性分析

  • circRNA序列预测

高级分析

  • circRNA保守性分析

  • circRNA、miRNA、mRNA互作分析

技术参数

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样本要求

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技术参数

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