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全长转录组测序

浏览次数:167|来源:飞凡检测 | 2022-02-28 09:42:38

全长转录组测序(Iso-Seq)是基于PacBio单分子实时测序技术,凭借超长读长的优势(平均读长10-15Kb),可以轻松跨越从5'末端到3'-Poly A尾的完整转录本,无需打断RNA分子,从而获得高质量全长转录本序列。

通过全长转录组测序能够更精准地得到mRNA全长序列及完整结构信息,可以对新基因及其Iso-form进行更全面的研究,克服了转录本二代测序拼接短、信息不完整的难题;实现对可变剪接、同源异构体、同源基因、等位基因、融合基因等精确分析。主要应用领域有比较转录组学、发育转录组学、环境转录组学、辅助基因组注释、肿瘤疾病研究等。

技术流程

全长转录组测序技术流程

数据分析

全长无参转录组分析

标准分析:
1. 原始数据处理
2. 全长转录本分析:插入片段质控、转录本分类、聚类与矫正
3. 转录本注释:Gene Ontology分析、KEGG pathway分析、KOG或COG分析、Swissport分析
4. 基因结构分析:可变剪切分析、SSR分析、CDS分析、LncRNA分析、基因家族分析

高级分析:
1. 参考序列比对
2. 表达水平分析
3. 差异表达分析
4. 差异表达转录本KEGG富集分析
5. 差异表达热图分析
6. 差异表达转录本GO富集分析

全长有参转录组分析

标准分析:
1. 原始数据处理
2. 全长转录本分析:插入片段质控、转录本分类、聚类与矫正、与参考基因组比对
3. 转录本注释:Gene Ontology分析、KEGG pathway分析、KOG或COG分析、Swissport分析
4. 基因结构分析:转录本结构注释、可变剪切分析、SSR分析、新转录本预测、CDS分析、LncRNA分析、融合基因鉴定

高级分析:
1. 参考序列比对
2. 表达水平分析
3. 差异表达分析
4. 差异表达转录本KEGG富集分析
5. 差异表达热图分析
6. 差异表达转录本GO富集分析
7. 基因表达趋势分析
8. 权重共表达网络分析
9. 样本间差异融合基因比较

样本要求

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技术参数

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  • 1、 提供产品资料

  • 2、 工程师根据您的产品推荐合适检测项目,并给出报价

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  • 4、 支付检测费用,安排检测

  • 5、检测完成,出具检测报告,邮寄给客户

  • 咨询热线:18018131362

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