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全长16S/18S/ITS扩增子测序

浏览次数:470|来源:飞凡检测 | 2022-03-02 10:23:34

目前,16S/18S/ITS rRNA是微生物分类鉴定和系统发育的指标。原核微生物的16S rRNA基因长度约为1500 bp,包含10个保守区和9个高变区(V1-V9),同时具有高度的保守性和特异性,保守区可反映菌属间的亲缘关系,可变区体现菌属之间的差异。真核微生物18S rRNA基因长度约为1500~2000 bp,序列中也既有保守区和可变区,由于进化速率比较保守,适用于种级以上的分类鉴定。真核微生物ITS长度约为500 bp,在种内不同菌株之间高度保守,而在菌种间存在较大的变化,表现出极大的序列多态性,被广泛应用于生物种间系统发育和研究。

既往的16S/18S/ITS rRNA扩增子测序针对其序列的单个或连续的两个或三个可变区设计引物扩增再测序分析;而现在基于三代PacBio SMRT测序平台,我们使用27F/1492R的引物,平均读长10~18 K,可轻松覆盖16S/18S/ITS rRNA全长序列,突破二代测序读长短的局限性,实现精确到“种”的分类鉴定,可在多个领域应用如物种进化、物种丰度、环境与生态、医学领域等,研究表皮微生物的关系、人体肠道微生物与疾病。

技术流程

全长16S/18S/ITS扩增子测序技术流程

数据分析


我们使用Circular Consensus Sequencing(CCS)的算法来矫正测序产生的错误,提高测序的准确性。通过去除barcode以及长度小于150 bp以及模棱两可的序列,通过99%的相似性产生OTU和比对数据库最后进行分类。

样本要求

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技术参数

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