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真菌多样性分析ITS序列

浏览次数:32|来源:飞凡检测 | 2021-11-16 13:54:18

ITS序列是内源转录间隔区(Internally Transcribed Spacer),位于真菌18S、5.8S和28S rRNA基因之间,分别为ITS 1和ITS 2。 在真菌中,5.8S、18S和28S rRNA基因具有较高的保守性,而ITS由于承受较小的自然选择压力,在进化过程中能够容忍更多的变异,在绝大多数真核生物中表现出极为广泛的序列多态性。同时,ITS的保守型表现为种内相对一致,种间差异较明显,能够反映出种属间,甚至菌株间的差异。并且ITS序列片段较小(ITS 1和ITS 2长度分别为350 bp和400 bp),易于分析,目前已被广泛用于真菌不同种属的系统发育分析。 飞凡检测进行人体健康相关的研究与应用

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真菌多样性分析流程如下:


真菌多样性分析流程


  • 高通量测序

目前市面上常用的用于研究环境微生物的高通量测序平台有Illumina MiSeq,Roche 454和Ion Torrent PGM。针对于真菌ITS序列,MiSeq凭借其测序读长长、测序周期短、通量大等特点,成为使用最为普遍的测序平台。 飞凡检测采用Illumina-MiSeq 2×300 bp平台进行微生物生态研究,其最大读长可达到550 bp,能够很好地覆盖ITS 1和ITS 2序列,对其进行测序分析。

物种组成图 样品群落结构分析柱状图、多样品对比树图、样品群落结构分析柱状图 微生物多样性分析/宏基因组 LEfSe差异分析 PCA差异分析 RDA环境因子分析

飞凡检测质检报告流程:


1、 提供产品资料

2、 工程师根据品资料的产品推荐合适检测项目,并给出报价

3、 确认报价没有问题,然后把样品送到我们实验室

4、 支付检测费用,安排检测

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