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CircRNA测序

浏览次数:17|来源:飞凡检测 | 2021-11-15 17:13:41

什么是CircRNA?

CircRNA(Circular RNA),是一类不具有 5' 末端帽子和 3' 末端 poly(A)尾巴、并以共价键形成稳定闭合环状结构的非编码 RNA 分子。 CircRNA 广泛存在于生物细胞中,对 miRNA 起重要的调控作用,进而调控基因表达。随着高通量测序技术的发展, CircRNA 在多种真核生物体内被大量鉴定出来,利用高通量测序技术,对生物样本中的CircRNA 进行鉴定、表达丰度检测及结构分析,是 RNA 领域的研究热点,推动更深入的基因表达研究。


CircRNA 实验设计思路为差异比较,常见的类型为实验组与对照组(case VS control),进行两两比较;若考虑时空因素,如按照不同生长发育阶段或者疾病发生发展整个过程进行比较,即进行多重比较分析,然后对差异的CircRNA 来源基因进行预测和富集分析。一组样品建议至少 6 个生物学重复。

技术路线
CircRNA技术路线


样本要求


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CircRNA测序分析项目-飞凡检测


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CircRNA常见问题——飞凡检测

  • 为什么CircRNA测序的研究比较热?

    1)多角度阐述分子生物学问题的需要;

    2)从新的角度发现导致样本存在差异的需要;

    3)寻找影响疾病发生的分子标记;

    4)探究circRNA的未知功能;

    5)寻找导致microRNA表达发生变化的机理。

  • CircRNA测序需要多少数据量?

    推荐10G clean data/样本的数据量。

  • CircRNA测序的条件?

    1. 有参考基因组,并且有CircRNA注释信息;

    2. 有相应的核糖体去除试剂盒。

  • CircRNA有哪些特点?

    1. 大多存在于细胞质中,且序列高度保守;

    2. 一般细胞或组织中,环状RNA较稳定,半衰期在48h,其他mRNA(线性)半衰期约为10h;血清中的外显子环状RNA不稳定,半衰期<15s。

    3. 不同细胞中表达的环状RNA可能不同;

    4. 同一个基因可能即产生线性mRNA,又可以转录成环状RNA;

    5. 总量估计,外显子环状RNA(exonic ciRcRNA)的量约为polyA mRNA(线性mRNA)的1%;占非核糖体RNA的0.8%;

    6. 大部分为ncRNA。



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