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16S/18S/ITS扩增子测序

浏览次数:42|来源:飞凡检测 | 2021-10-29 15:57:09

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原核微生物的16S rRNA基因长度约为1500 bp,真核微生物18S rRNA基因长度为1500 ~ 2000 bp,而ITS区长度为400 ~ 900 bp。在以往的 研究中,16S/18S/ITS扩增测序一般基于第二代高通量测序平台,读长较短,通常覆盖16S V3、V4区,18S V9区,而微生物基因突变位点并不 是均匀分布的,基于单个可变区的测序分析有可能会高估或低估这些突变,进而影响微生物群落的分类,因此二代扩增子有可能会无法反映微 生物群落的真实情况。


而PacBio三代测序可以获得平均15 ~ 20 kb的长读长,在CCS测序模式下,可以实现扩增子的多圈读取,在获得全长扩增子序列的同时,保证 了序列的准确性,能够更加真实地反映微生物群落的组成情况。


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